急性扁桃体炎多由病原微生物感染引起，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌，约10%-30%的扁桃体炎由其引发。
病原体感染方面
细菌感染： 最主要的致病菌是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可导致急性扁桃体炎。比如，当人体抵抗力下降时，这些细菌容易在扁桃体隐窝内大量繁殖，引发炎症。病毒感染： 常见的有腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。例如，腺病毒感染引起的扁桃体炎，往往会伴有咽部充血、扁桃体肿大等表现，而且具有一定的传染性，可通过飞沫或直接接触传播。
自身因素方面
抵抗力低下： 当人体过度劳累、受凉、营养不良时，抵抗力会下降，此时容易受到病原体的侵袭而引发急性扁桃体炎。比如，长期熬夜的人，身体免疫力处于较低水平，就更容易患上急性扁桃体炎。局部因素： 扁桃体本身的隐窝引流不畅，容易导致病原体残留并繁殖。另外，邻近器官的感染蔓延，如咽炎、鼻炎等，也可能波及扁桃体引发炎症。例如，患有慢性鼻炎的患者，鼻腔分泌物倒流刺激扁桃体，就可能诱发急性扁桃体炎。
环境因素方面
气候因素： 季节更替时，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受到寒冷刺激，从而影响扁桃体的免疫功能，增加感染风险。比如，在秋冬季节，气温较低，急性扁桃体炎的发病率会有所升高。空气污染： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，降低其防御能力，容易引发炎症。例如，在工业污染严重的地区，居民患急性扁桃体炎的概率相对较高。