肛内湿疹没有绝对最好的药膏，需根据病情选择。一般常用的有糖皮质激素类药膏、钙调磷酸酶抑制剂等。比如氢化可的松软膏属于中效糖皮质激素药膏，可起到抗炎、抗过敏的作用，能缓解肛内湿疹引起的瘙痒等症状，但连续使用不宜超过2-3周。
糖皮质激素类药膏
弱效糖皮质激素药膏： 像氢化可的松软膏，适用于症状较轻的肛内湿疹，能减轻炎症反应，缓解瘙痒等不适。不过使用时要注意，不能长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩等不良反应。中效糖皮质激素药膏： 例如糠酸莫米松乳膏，抗炎作用相对较强，对肛内湿疹导致的红肿、瘙痒有较好的缓解效果，但同样要遵循短期使用的原则，一般连续使用不超过2周。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 属于钙调磷酸酶抑制剂，不含有激素，适用于不宜使用糖皮质激素的部位，如肛周皮肤。它可以通过抑制钙调磷酸酶来发挥免疫抑制作用，减轻肛内湿疹的炎症反应，而且长期使用相对安全，不过刚开始使用时可能会有短暂的灼热感，一般能逐渐适应。吡美莫司乳膏： 也是钙调磷酸酶抑制剂，作用机制与他克莫司类似，对肛内湿疹引起的瘙痒、皮疹等有改善作用，同样适用于对糖皮质激素有禁忌的患者，如儿童、孕妇等特殊人群，但使用过程中也需密切观察皮肤反应。
中药药膏
除湿止痒软膏： 这是一种中药制剂，由蛇床子、黄连、黄柏、白鲜皮等多种中药组成，具有清热除湿、祛风止痒的功效，可用于肛内湿疹的治疗，能缓解肛门局部的瘙痒、潮湿等症状，且相对比较温和，副作用较小。青黛散软膏： 主要成分有青黛、甘草、滑石、黄柏等，有清热解毒、燥湿止痒的作用，对于肛内湿疹出现红肿、渗出等情况有一定的治疗效果，使用时直接涂抹于肛门内或肛周皮肤即可。