扁桃体反复发炎通常是由多种因素导致的。一般来说，人体免疫力低下时，比如儿童和老年人，更容易遭受病菌侵袭引发扁桃体反复发炎，有数据显示，儿童扁桃体反复发炎的概率相对较高。
病原体持续存在
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，这类细菌容易在扁桃体隐窝内潜藏。当人体抵抗力下降时，它们就会大量繁殖，引发扁桃体反复发炎。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等也可导致扁桃体反复发炎，病毒会长期在扁桃体局部存在，不断刺激扁桃体组织，引起炎症反复。
自身免疫因素
变态反应： 当扁桃体受到病原体感染后，可能会引发自身免疫反应。人体免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来异物进行攻击，导致扁桃体反复处于炎症状态。例如，有的患者在扁桃体发炎后，身体会产生针对扁桃体组织的抗体，持续对扁桃体造成损伤，使得炎症反复出现。免疫功能紊乱： 一些自身免疫性疾病患者，其免疫功能失调，更容易出现扁桃体反复发炎的情况。比如患有类风湿关节炎的患者，扁桃体发炎的复发率相对较高。
局部因素
隐窝引流不畅： 扁桃体隐窝口容易堵塞，隐窝内的细菌、病毒等病原体难以排出，长期积聚在隐窝内，就会不断刺激扁桃体，导致炎症反复。儿童的扁桃体隐窝相对较深，更容易发生引流不畅的情况，所以儿童扁桃体反复发炎的几率比成人更高。邻近器官病灶影响： 如鼻窦炎、咽炎等邻近器官的炎症病灶，其病原体可蔓延至扁桃体，引起扁桃体反复发炎。例如，鼻窦炎患者鼻腔内的脓性分泌物可能会倒流至扁桃体部位，持续刺激扁桃体，导致扁桃体炎症反复发作。