干燥综合征的原因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染、免疫等多种因素有关。其中遗传因素方面，研究发现某些基因的遗传多态性与干燥综合征的发病风险相关，有家族遗传倾向的人群患病几率相对较高。
遗传因素：
基因关联：研究表明人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合征的发病密切相关，例如HLA - DR3、HLA - DR4等基因位点在干燥综合征患者中出现的频率高于正常人群。有家族中多人患病的情况，提示遗传易感性在发病中起到一定作用，但并非绝对会发病，只是相对风险增加。
感染因素：
病毒感染：病毒可能是诱发干燥综合征的重要因素之一。例如EB病毒，它与干燥综合征的发病可能存在关联。EB病毒感染后可能会改变人体的免疫反应，导致自身免疫机制被激活，进而引发干燥综合征相关的免疫异常。另外，丙型肝炎病毒感染也被认为与干燥综合征的发生有一定关系，部分干燥综合征患者可能合并丙型肝炎病毒感染，并且在病毒清除后，干燥综合征的一些症状可能会有变化。
免疫因素：
自身免疫紊乱：干燥综合征是一种自身免疫性疾病，患者体内存在异常的自身免疫反应。免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺，尤其是唾液腺和泪腺等。例如，患者体内会产生多种自身抗体，如抗核抗体、抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体的存在会导致外分泌腺的功能受损，出现唾液分泌减少、泪液分泌减少等干燥的症状，同时还可能累及其他系统，引起多器官的损害。