慢性肠炎的用药需根据具体病情来定。一般常用的药物有益生菌类，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，改善肠道功能，通常可以长期小剂量服用来维持肠道菌群平衡；还有柳氮磺吡啶，主要用于炎症性肠病相关的慢性肠炎，它通过在肠道内分解发挥抗炎作用。
益生菌类药物
调节菌群： 像双歧杆菌三联活菌胶囊，能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，一般适用于因肠道菌群失调引起的慢性肠炎，可长期服用来调节肠道环境，但儿童服用时需在医生指导下减量使用。改善功能： 枯草杆菌二联活菌颗粒，除了调节菌群，还能促进肠道蠕动，帮助消化，对于肠道功能紊乱导致的慢性肠炎有一定缓解作用，儿童也可使用，但要注意用温水冲服。
抗炎类药物
柳氮磺吡啶： 主要针对炎症性肠病引发的慢性肠炎，它在肠道内被分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制肠道炎症反应。不过，部分人服用后可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适，对磺胺类药物过敏者禁用。美沙拉嗪： 也是用于治疗肠道炎症的药物，有缓释片等剂型，通过局部作用于肠道炎症部位发挥抗炎效果，副作用相对柳氮磺吡啶较小，儿童使用时需根据体重等情况调整剂量。
止泻止痛类药物
蒙脱石散： 能吸附肠道内的毒素和病菌，保护肠道黏膜，起到止泻作用，一般急性发作腹泻严重时可服用，成人每次1袋，儿童按体重减量，过量服用可能引起便秘。匹维溴铵： 可缓解肠道痉挛引起的腹痛，它是选择性作用于胃肠道平滑肌的钙通道阻滞剂，不会影响食管下端括约肌压力，对于慢性肠炎伴有腹痛的患者适用，孕妇需慎用。