慢性肠胃炎的用药需根据具体症状来选择，一般常用药物有抑酸剂、胃黏膜保护剂、益生菌等。比如质子泵抑制剂类的奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多导致的胃痛等症状，通常可在饭前半小时服用。
抑酸剂的应用
质子泵抑制剂：像奥美拉唑、兰索拉唑等属于质子泵抑制剂，能有效抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃黏膜的刺激，一般疗程可能在2-4周左右，可缓解慢性肠胃炎患者因胃酸过多引起的烧心、反酸等症状。H2受体拮抗剂：如雷尼替丁、法莫替丁，通过抑制组胺刺激胃酸分泌，对缓解胃酸相关症状也有作用，但相比质子泵抑制剂，抑酸作用稍弱一些。
胃黏膜保护剂的使用
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，还能在胃黏膜表面形成保护膜，减轻炎症对胃黏膜的损伤，服用后可能在半小时内就起效，能快速缓解胃痛等不适。硫糖铝：在酸性环境下形成氢氧化铝凝胶，附着于胃黏膜表面，保护胃黏膜免受胃酸和胃蛋白酶的侵蚀，一般需要饭前半小时服用。
益生菌的调节作用
双歧杆菌制剂：比如双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠胃炎导致的肠道功能紊乱有一定的调节作用，一般可以长期服用来维持肠道菌群稳定，但具体服用时间需根据病情遵医嘱。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和肠球菌，可补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，帮助改善慢性肠胃炎引起的腹泻、腹胀等症状，婴幼儿也可在医生指导下服用。
针对感染的药物
如果慢性肠胃炎是由幽门螺杆菌感染引起的，还需要使用抗生素进行治疗，常用的有阿莫西林、克拉霉素等，但抗生素的使用必须在医生明确诊断有幽门螺杆菌感染且符合用药指征时才能使用，因为需要联合其他药物组成四联疗法来根除幽门螺杆菌，且不同患者情况不同，用药方案也有差异。