经常半夜胃疼可能由多种原因引起，其中十二指肠溃疡较为常见，约有2/3的十二指肠溃疡患者会出现空腹痛，也就是半夜疼的情况。
十二指肠溃疡导致
胃酸分泌异常： 十二指肠溃疡患者的胃酸分泌通常会增多，夜间时迷走神经兴奋，会促使胃酸大量分泌，过多的胃酸刺激溃疡面，就容易引发半夜胃疼。一般十二指肠溃疡的病程较长，有的患者可能会反复发作数年甚至十几年。饮食因素影响： 如果晚餐进食过少，空腹时间过长，夜间胃酸没有食物中和，也可能刺激溃疡部位导致半夜胃疼。另外，睡前如果吃了辛辣、油腻等刺激性食物，也会加重对十二指肠溃疡面的刺激，引发半夜胃疼。
胃部疾病本身特点
节律性疼痛： 像胃溃疡也可能出现疼痛节律，但一般是进食后疼痛，而十二指肠溃疡多是空腹疼，具有明显的节律性，半夜处于空腹状态，容易诱发疼痛。比如有些患者会表现为餐后3 - 4小时开始出现疼痛，如果不进食则持续至下一次进餐，这就很容易在半夜发作。溃疡面刺激： 胃部的溃疡面在夜间蠕动相对活跃时，受到胃酸等的刺激，会引起疼痛感觉。而且夜间人体的自主神经调节等因素也可能使得溃疡部位的敏感性增加，从而导致半夜胃疼。
其他可能因素
药物刺激： 长期服用非甾体类抗炎药，如阿司匹林等，可能会损伤胃黏膜，影响胃的正常功能，增加半夜胃疼的风险。这类药物可能会抑制胃黏膜前列腺素的合成，削弱胃黏膜的保护屏障，使得胃部更容易受到刺激而出现疼痛。精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力过大等，会影响神经系统对胃肠道的调节，导致胃肠功能紊乱，也可能引发半夜胃疼。例如一些长期处于高压工作状态的人群，就比较容易出现这种情况，精神状态的波动会通过神经内分泌途径影响胃部的血液循环和胃酸分泌等，进而诱发疼痛。