粘液腺囊肿根治主要通过手术切除。一般来说，手术切除是较为有效的根治方法，通常在局部麻醉下即可进行。
手术治疗方式
门诊小手术切除： 医生会用手术器械将囊肿完整摘除。这种手术相对简单，在口腔科门诊就能开展，术后恢复相对较快。手术时间一般较短，大概10 - 30分钟左右。显微镜下切除： 对于一些位置较特殊、囊肿与周围组织粘连不太好分辨的情况，可借助显微镜进行切除。显微镜能让医生更清晰地看到囊肿边界，从而更彻底地去除囊肿，降低复发几率。
术后注意事项
口腔卫生维护： 术后要保持口腔清洁，每天早晚刷牙，饭后用淡盐水漱口。淡盐水有一定杀菌作用，能减少口腔内细菌滋生，预防伤口感染。一般建议每次漱口时间保持30秒左右。饮食调整： 术后短期内要避免吃辛辣、刺激性食物以及过烫的食物。辛辣食物如辣椒、花椒等可能会刺激手术部位，引起疼痛或导致伤口愈合延迟；过烫食物会使口腔局部温度升高，不利于伤口恢复。可以多吃一些软食，像米粥、鸡蛋羹等，这类食物容易咀嚼和消化，不会对手术部位造成过多刺激。
复发情况及预防
复发可能性： 虽然手术切除是根治方法，但仍有一定复发概率，大概在5% - 10%左右。复发可能是因为手术中没有完全切除囊肿的上皮组织，导致残留的上皮细胞又分泌粘液形成新的囊肿。如何预防复发： 手术时医生要尽量完整切除囊肿及周围受影响的腺体组织。患者自身也要配合医生，术后严格按照医嘱进行口腔护理和饮食调整，定期复查。如果发现口腔内有异常小包块，要及时就医，以便早期发现可能的复发情况并处理。