肾结石形成的原因较为复杂，主要与体内代谢、生活习惯等多方面因素有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易形成结晶，逐渐聚集成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就可能引发肾结石。
代谢异常导致
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石核心。例如，尿液中钙含量过高，超过了尿液的稀释缓冲能力，钙就会以结晶形式析出，长期积累可能形成钙盐结石。尿酸代谢紊乱： 人体嘌呤代谢异常会使尿酸生成过多，当尿酸排出减少时，血液中尿酸浓度升高，尿液中尿酸含量也随之增加，过饱和的尿酸就会形成尿酸结石。
生活习惯因素
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中各种成分析出的风险增加。有研究表明，每天饮水少于1000毫升的人，患肾结石的几率比每天饮水2000毫升以上的人高很多。饮食不合理： 高草酸饮食是诱发肾结石的重要因素，像菠菜、甜菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，长期大量食用这类食物，会使尿液中草酸浓度升高，增加肾结石风险。高嘌呤饮食也不可忽视，动物内脏、海鲜、浓汤等嘌呤含量高，嘌呤代谢产生尿酸，进而促进尿酸结石形成。
疾病相关因素
某些疾病影响： 患有甲状旁腺功能亢进症时，甲状旁腺激素分泌增多，会导致血钙升高，尿液中钙排出增加，容易形成钙结石。尿路感染也可能引发肾结石，细菌、脓块等会作为核心，促使结石形成。此外，一些遗传性疾病，如胱氨酸尿症，会使患者尿液中胱氨酸浓度异常升高，从而形成胱氨酸结石。