肺部血栓的治疗方式需根据具体情况而定，一般来说，抗凝治疗是常用的重要手段，像普通肝素这类药物就可用于抗凝，通常需要持续使用一段时间来阻止血栓进一步发展。
抗凝治疗药物选择
普通肝素： 通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥抗凝作用，可通过静脉注射等方式给药，但使用时需密切监测凝血指标。低分子肝素： 相比普通肝素，出血风险相对较低，也能起到有效的抗凝效果，一般皮下注射即可。
溶栓治疗情况
适用情况： 对于大面积肺血栓栓塞症，也就是那些有明显呼吸困难、胸痛、低氧血症等严重表现的患者，在发病14天内可以考虑溶栓治疗。常用药物： 尿激酶、重组组织型纤溶酶原激活剂等，不过溶栓治疗有一定的出血风险，需要严格掌握适应证和禁忌证。
手术治疗方式
肺动脉血栓摘除术： 这是一种比较激进的治疗方法，适用于病情非常严重、经积极的内科治疗无效的患者，手术风险相对较高，需要在具备相应条件的医院，由经验丰富的医生操作。介入取栓： 通过导管等介入手段直接取出肺动脉内的血栓，相对于肺动脉血栓摘除术，创伤可能更小一些，但也有一定的操作要求和风险。
一般支持治疗
呼吸支持： 如果患者有低氧血症，需要给予吸氧治疗，严重时可能需要使用呼吸机辅助呼吸，维持患者的血氧饱和度在合适水平。循环支持： 密切监测患者的血压、心率等循环指标，对于出现低血压等情况的患者，可能需要使用血管活性药物来维持血流动力学稳定。同时，要让患者绝对卧床休息，减少活动，防止血栓脱落再次栓塞。