阴茎扭转主要与胚胎发育异常、先天性因素以及创伤等有关。一般来说，胚胎发育过程中，如果阴茎海绵体发育出现异常，就可能引发阴茎扭转。
胚胎发育因素导致
先天性发育不均衡： 在胚胎发育的第8周时，阴茎海绵体发育如果不均衡，就可能引起阴茎扭转。正常情况下，阴茎海绵体应该对称发育，若一侧海绵体发育过快或过慢，就容易导致阴茎向一侧扭转。尿道海绵体发育影响： 尿道海绵体的发育也与阴茎扭转相关。如果尿道海绵体在发育过程中出现异常，比如尿道海绵体某部分组织增生或发育不良，可能会牵拉阴茎，导致阴茎扭转。
先天性因素相关
遗传因素影响： 有一定的遗传倾向，如果家族中有阴茎扭转的病史，后代出现阴茎扭转的概率可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还不完全明确，但基因方面的某些缺陷可能会增加阴茎扭转发生的风险。先天性解剖结构异常： 先天性的阴茎白膜发育异常也是原因之一。阴茎白膜是包裹阴茎海绵体的一层膜性结构，如果白膜分布不均匀，就可能使阴茎在勃起或疲软时出现扭转情况。
创伤相关因素
外部暴力创伤： 阴茎受到外部暴力撞击等创伤时，也可能导致阴茎扭转。例如，在性生活中姿势不当或受到外力撞击，可能会使原本正常的阴茎发生扭转。不过这种情况相对较少见，但也是导致阴茎扭转的一个因素。