扁桃体炎多由病原微生物，如A组乙型溶血性链球菌等感染引起，病程相对较短或有急性发作过程；慢性咽炎常因急性咽炎反复发作、不良环境刺激等多种因素导致，病程较长。
发病部位差异
扁桃体炎主要病变在扁桃体，扁桃体位于口咽部两侧腭舌弓与腭咽弓围成的三角形扁桃体窝内。慢性咽炎病变部位主要在咽部黏膜、黏膜下及淋巴组织，咽部范围更广，包括鼻咽、口咽和喉咽等部位。
症状表现不同
扁桃体炎急性发作时，患者多有剧烈咽痛，伴吞咽困难，可伴有高热、畏寒等全身症状，检查可见扁桃体充血、肿大，表面可能有脓性分泌物。慢性咽炎患者主要表现为咽部异物感、咽干、咽痒、刺激性咳嗽等，一般全身症状不明显，咽部检查可见黏膜慢性充血、淋巴滤泡增生等。
病因有别
扁桃体炎的主要病因是病原体感染，如细菌、病毒等入侵扁桃体引发炎症。慢性咽炎病因复杂，除了急性咽炎迁延不愈，还与长期吸烟、饮酒、接触粉尘、化学气体刺激，以及患有鼻腔、鼻窦慢性炎症等有关。
治疗侧重点
扁桃体炎急性发作时，多需使用抗生素等药物针对病原体进行治疗，如存在反复感染等情况，必要时可考虑手术切除扁桃体。慢性咽炎治疗主要是去除病因，如改善生活环境、积极治疗鼻部及咽部周围器官疾病等，一般以局部含漱、含片等对症治疗为主。对于儿童患者，要尤其注意避免滥用抗生素，优先通过改善生活方式等非药物干预缓解症状，同时关注其生长发育情况，若扁桃体炎影响呼吸等严重情况时谨慎考虑手术；成年患者则根据具体病因和症状严重程度综合选择合适的治疗方式，同时要注意自身生活习惯对病情的影响。