灰指甲的根治方法包括手术拔甲、内服药物、外用药物、一般疗法、物理治疗。
一、手术拔甲：对于单发的指甲，可采用手术拔甲的方式，即在局麻状态下将患甲拔除。然而，这种方法存在一些弊端，其创面较大，会导致患者术后有显著疼痛感，且污染几率较高。所以，尽管能完全去除病因，但一般较少使用此方法。
二、内服药物：若有多个病甲，适合采用内服药物的办法。可以口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等药物来进行医治。
三、外用药物：当患者的指甲有感染、出血等情况时，可运用一些外用药物进行治疗，例如冰醋酸、盐酸阿莫罗芬搽剂等，这样不但能够增强杀菌效果，同时还能促进皮肤愈合。
四、一般疗法：主要是让患者调整自身心态，保持心情愉悦，在饮食方面要注重多吃富含维生素的食物。
五、物理治疗：物理治疗涵盖长波照射、红外线照射等，这些高辐射、高热量的物理手段能够破坏细菌，进而可以抑制伤口处真菌的生长。
总之，治疗灰指甲有多种方法可供选择，可根据具体病情和患者实际情况来综合运用这些方法，以达到较好的治疗效果。