灰指甲的根治方法包括手术拔甲、内服药物、外用药物、一般疗法、物理治疗。
一、手术拔甲：此方法主要针对单发的指甲。是在局麻状态下将患甲拔除。但这种手术存在一些问题，其创面较大，导致患者术后会有较为明显的疼痛感，而且发生污染的概率较高。所以尽管能完全去除病因，但通常不太被采用。
二、内服药物：适用于有多个病甲的情况。患者可口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等药物进行治疗。这些药物可以对多个病甲起到作用。
三、外用药物：当患者的指甲出现感染、出血等状况时，可使用诸如冰醋酸、盐酸阿莫罗芬搽剂等外用药物。这样不但能增强杀菌效果，同时还可以促进皮肤的愈合。
四、一般疗法：主要是患者要对自己的心态进行调整，保持心情愉悦，在饮食方面要注重多摄取一些富含维生素的食物。
五、物理治疗：包含长波照射、红外线照射等方式。这些高辐射、高热量的物理疗法能够破坏细菌，进而抑制伤口处真菌的生长。
总之，对于灰指甲的治疗，需要根据具体情况选择合适的方法，有时可能需要综合运用多种方法来达到更好的根治效果。