宝宝身材矮小的病因较多，其中常见的有遗传因素，如果父母身高偏矮，宝宝遗传矮小的概率相对较高，据统计约30%的矮小儿童是由遗传因素导致。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体发生病变，比如垂体肿瘤、垂体发育异常等，就可能导致生长激素分泌不足。这种情况会使宝宝的生长速度明显减慢，身高增长落后于正常儿童。基因缺陷：某些基因的突变也可能引起生长激素缺乏，从而影响宝宝的身高发育，导致身材矮小。
内分泌疾病影响
甲状腺功能减退：甲状腺分泌的甲状腺激素对宝宝的生长发育至关重要。如果宝宝甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，会导致新陈代谢减慢，生长发育迟缓，出现身材矮小的情况，同时还可能伴有智力发育落后等表现。先天性肾上腺皮质增生症：这是一种常染色体隐性遗传病，由于肾上腺皮质激素合成过程中相关酶缺乏，会影响宝宝的生长发育，导致身材矮小。
慢性疾病影响
营养不良：长期营养不良会影响宝宝的生长发育，比如蛋白质、热量摄入不足，或者缺乏维生素、矿物质等营养素。例如，蛋白质是身体生长的重要物质基础，长期蛋白质摄入不够，会使宝宝身高增长受限。慢性肾病：患有慢性肾病的宝宝，由于肾脏功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的吸收，进而影响生长发育，导致身材矮小，同时可能伴有水肿、贫血等其他肾病相关症状。先天性心脏病：一些先天性心脏病会影响宝宝的血液循环和营养供应，导致身体生长所需的营养不能充分输送到各个部位，从而影响身高增长，使宝宝身材相对矮小。