身材矮小症的成因较为复杂，主要包括以下几方面。首先是遗传因素，如果父母身高偏矮，孩子遗传矮小的概率会增加，据统计，约70%~80%的矮小儿童存在遗传因素相关问题。
一、内分泌因素
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进人体生长的重要激素，垂体病变等原因可能导致生长激素分泌减少，从而影响身高增长。例如垂体发育异常的患儿，生长激素分泌量明显低于正常儿童，会出现身材矮小的情况。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对生长发育也起着关键作用，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会使患儿生长迟缓，除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、皮肤粗糙等表现。
二、疾病因素
慢性疾病： 一些慢性疾病会影响孩子的生长，如先天性心脏病、慢性肾病等。以慢性肾病为例，患儿长期处于疾病状态，身体代谢紊乱，营养吸收不良，会阻碍身高的正常增长。染色体异常： 像特纳综合征，这是一种常见的染色体疾病，主要发生在女性患儿身上，由于染色体异常，会导致生长缓慢，身材矮小，同时还可能伴有特殊面容、性腺发育不全等表现。
三、营养与生活方式因素
营养不均衡： 长期营养不良，缺乏蛋白质、钙、磷等生长发育所需的重要营养素，会影响身高增长。比如孩子平时挑食、偏食，导致摄入的营养不能满足身体生长的需求，就容易出现身材矮小的情况。缺乏运动： 适当的运动有助于骨骼生长和身高增长，长期缺乏运动的孩子，身体的新陈代谢和骨骼发育都会受到一定影响，进而可能引发身材矮小。