HPV感染后大多没有明显症状，部分人可能会有一些表现。大部分HPV感染是一过性的，约90%的HPV感染在2年内会自然清除。
皮肤低危型HPV感染症状
寻常疣：表现为黄豆大小或更大的丘疹，表面粗糙，触之坚硬，呈灰黄、棕黄或正常肤色，可发生在身体任何部位，多见于手部。扁平疣：好发于青少年的颜面、手背及前臂，表现为大小不等的扁平丘疹，轻度隆起，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，正常肤色或淡褐色。
皮肤高危型HPV感染症状
鲍温样丘疹病：多见于青壮年，表现为多个或单个色素性丘疹，大小不等，呈圆形、椭圆形或不规则形，颜色可呈肉色、红褐色或黑色。外阴上皮内瘤变：主要症状为外阴瘙痒、烧灼感、皮肤破损等，病变部位可出现丘疹、结节或溃疡等。
黏膜低危型HPV感染症状
生殖器疣（尖锐湿疣）：主要发生在性活跃的人群，好发于生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，初起为细小淡红色丘疹，后逐渐增大增多，呈乳头状、菜花状、鸡冠状等，表面凹凸不平，湿润柔软。复发性呼吸道乳头瘤病：多见于儿童，也可见于成人，主要表现为进行性声音嘶哑、呼吸困难等，喉部可见乳头瘤样病变。
黏膜高危型HPV感染症状
宫颈癌：早期可能没有明显症状，随着病情进展，可出现阴道流血，年轻患者常表现为接触性出血，即性生活或妇科检查后阴道流血；老年患者常为绝经后不规则阴道流血。还可出现阴道排液，多为白色或血性、稀薄如水样或米泔状、有腥臭味的液体。晚期患者可出现尿频、尿急、便秘、下肢肿痛等症状。