肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。细菌可通过上行感染、血行感染、淋巴道感染等途径侵入肾盂引发炎症。
上行感染引发原因
尿道结构因素：女性尿道短而宽，长度约3~5厘米，且尿道外口靠近肛门，肠道细菌容易侵入尿道。据统计，女性发生肾盂肾炎的几率比男性高很多，约为男性的10~15倍。比如一些女性不注意个人卫生，尤其是经期、性生活后，细菌更容易沿着尿道上行至肾盂，引发感染。膀胱输尿管反流：当存在膀胱输尿管反流时，膀胱内的尿液会反流至输尿管甚至肾盂，将细菌也带过去。这种情况在儿童中相对多见，若不及时处理，反复的反流容易导致肾盂肾炎反复发作。
血行感染引发情况
身体其他部位感染灶：当身体其他部位有感染病灶时，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如皮肤感染，像脓疱疮，细菌可通过血液传播到肾脏；还有扁桃体炎，链球菌感染后，细菌可能经血流侵入肾脏。一般来说，血行感染引发肾盂肾炎的情况相对较少，但一旦发生，病情可能较为严重。
淋巴道感染引发缘由
邻近器官炎症蔓延：肾脏周围的器官发生炎症时，细菌可通过淋巴道蔓延至肾脏。比如阑尾炎，阑尾与肾脏位置较近，阑尾的炎症可通过淋巴管波及肾脏，引起肾盂肾炎。不过这种淋巴道感染引发肾盂肾炎的情况比较少见，但也是肾盂肾炎的一个可能诱因。