流行性乙型脑炎主要的病变部位在中枢神经系统，其主要病变包括：神经细胞的病变，可见神经细胞变性、肿胀、坏死，如神经细胞出现核固缩、溶解、消失，为病毒直接侵犯和免疫反应所致；软化灶形成，病变严重时，脑实质可出现灶性坏死液化，形成质地疏松、染色较淡的筛网状病灶；血管变化和炎症反应，脑内血管扩张、充血，血管周围有淋巴细胞和单核细胞浸润，形成“血管套”现象。
神经细胞的具体病变表现
变性坏死： 病毒入侵后，神经细胞会首先出现代谢紊乱等情况，进而发生变性，表现为细胞肿胀、尼氏小体消失等，随后可发展为坏死，如神经细胞的核浓缩、溶解、破碎，最终细胞结构消失。这种病变在大脑皮质、基底核、视丘等部位较为明显。卫星现象和噬神经细胞现象： 当神经细胞发生变性坏死时，周围的少突胶质细胞会围绕在神经细胞周围，称为卫星现象；而小胶质细胞及中性粒细胞侵入坏死的神经细胞内，称为噬神经细胞现象，这也是乙脑病变的一部分表现。
软化灶的形成细节
病理过程： 脑实质内由于病毒感染引发一系列炎症反应等，导致局部组织发生缺血、缺氧性坏死，随后坏死组织被溶解吸收，形成质地疏松的筛网状病灶，即软化灶。这些软化灶可单个或多个存在，大小不一，多见于大脑皮质、基底核、视丘等部位。软化灶的出现是乙脑较为特征性的病理改变之一，其形成机制与局部血液循环障碍、神经细胞损伤后组织的修复过程异常等有关。
血管变化与炎症反应的情况
血管扩张充血： 乙脑时，脑内的小血管明显扩张、充血，这是由于炎症刺激导致血管通透性增加，血液成分渗出等引起。通过显微镜下观察可以看到血管扩张，管腔内血流相对缓慢等表现。血管套形成： 血管周围有大量淋巴细胞、单核细胞和少量中性粒细胞浸润，围绕在血管周围形成袖套状，称为血管套现象。这些炎性细胞浸润主要是机体的免疫反应，试图清除病毒等病原体，但也会对周围组织产生一定影响，可能进一步加重局部的炎症损伤。这种血管套现象在脑实质、脑膜血管等处均可见到，是乙脑炎症反应的重要病理特征。