硫酸阿托品眼用凝胶可能出现一些副作用，常见的有眼部不适，如短暂的眼部刺痛、烧灼感等；还可能引起全身反应，比如皮肤潮红、口干等；对于儿童等特殊人群，可能出现心率加快等情况；在一些过敏体质者中，可能发生过敏反应，表现为皮疹、瘙痒等。
眼部局部副作用
使用后可能出现眼部短暂的刺激症状，像轻微的刺痛感，这是因为药物对眼部黏膜有一定的初始作用，但通常程度较轻。
全身副作用表现
部分人会出现口干现象，这是由于药物影响了唾液腺的分泌；还有可能出现皮肤潮红，是因为药物对外周血管有一定作用，导致血管扩张。
特殊人群的副作用特点
儿童使用时，由于其身体机能发育尚未完全，可能出现心率加快的情况，这是需要密切关注的，因为儿童对药物的耐受和反应与成人不同。
过敏反应情况
少数过敏体质者使用后可能发生过敏反应，表现为皮肤出现皮疹，伴有瘙痒感，此时应立即停药并就医。