子宫内膜异位症的疼痛部位多样，其中盆腔痛较为常见，约有40%~80%的患者会出现慢性盆腔疼痛，且疼痛程度和病变程度不一定成正比。
一、盆腔内疼痛
痛经： 这是子宫内膜异位症常见的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。通常从月经前1~2天开始，持续整个经期，有的甚至会延长至经后。比如有些患者月经前1天就开始出现下腹部、腰骶部疼痛，随着月经来潮，疼痛逐渐加剧。盆腔坠痛： 在月经期间，患者可能会感到盆腔有坠胀感，尤其是在月经前后及经期，这种坠胀感会比较明显，影响日常生活和活动。
二、盆腔外疼痛
肠道相关疼痛： 当子宫内膜异位症累及肠道时，可能会出现腹痛、腹泻或便秘等症状。例如，有的患者会在经期出现下腹部疼痛，同时伴有腹泻，大便次数增多，严重时可能影响正常的工作和休息。泌尿系统疼痛： 如果异位的内膜侵犯泌尿系统，可能会出现周期性的尿频、尿急、尿痛，甚至血尿。有些患者在经期会出现尿痛的情况，严重时尿液中可带有血丝。
三、其他部位疼痛
瘢痕处疼痛： 若子宫内膜异位到剖宫产等手术的瘢痕处，会在瘢痕部位出现周期性疼痛，且随着时间推移，瘢痕处可能会出现硬结，经期时硬结会增大，疼痛也会加剧。比如做过剖宫产的女性，在手术瘢痕部位会出现周期性的疼痛，触摸时能感觉到硬结。性交疼痛： 部分患者在性交时会感到疼痛，尤其是在月经前性交时，疼痛可能会比较明显。这种疼痛会影响夫妻生活质量，给患者带来心理压力。