子宫内膜异位症的疼痛部位多样，其中最常见的是盆腔疼痛，约70% - 80%的患者会出现周期性的盆腔痛，多为继发性痛经，且呈进行性加重，疼痛通常从月经前1 - 2天开始，月经第1天最严重，以后逐渐减轻，可持续整个经期。
盆腔内疼痛：
痛经： 主要表现为下腹部、腰骶部及盆腔中部疼痛，疼痛程度个体差异大，有的轻，有的严重影响生活和工作。有些患者除了经期痛，平时也可能有隐痛。性交痛： 一般表现为深部性交痛，多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因病变导致子宫后倾固定的患者，月经前期性交痛更明显。
盆腔外疼痛：
肠道疼痛： 部分患者会出现肠道症状相关疼痛，比如经期出现腹痛、腹泻或便秘，严重时可能有里急后重感，类似痛经的疼痛可能出现在下腹、肛门周围等部位。泌尿系统疼痛： 当异位病灶侵犯泌尿系统时，可能出现周期性尿频、尿痛、血尿等症状。如果异位病灶压迫输尿管，还可能引起一侧腰痛和血尿。
其他部位疼痛：
瘢痕处疼痛： 剖宫产术后或会阴侧切术后，异位的子宫内膜种植在瘢痕处，会在经期出现瘢痕部位周期性疼痛，且瘢痕处可触及结节。肺部疼痛： 少数情况下，子宫内膜异位到肺部，可能出现经期咯血、气胸等，表现为胸部疼痛、呼吸困难等。