沙眼主要通过局部药物治疗，常用的药物有抗生素类眼药水，像0.1%利福平滴眼液、0.5%金霉素眼膏等。一般需要持续用药1~3个月左右。
局部药物治疗
利福平滴眼液： 它能抑制沙眼衣原体的繁殖，每天需用药3~4次，每次1~2滴，坚持使用可缓解沙眼症状。金霉素眼膏： 属于四环素类抗生素，睡前涂抹效果较好，能在眼部保持较长时间的药物浓度，帮助抑制沙眼衣原体。
全身药物治疗
口服抗生素： 对于病情较严重的沙眼患者，可能会用到口服抗生素，比如多西环素。但口服抗生素需要严格遵循医嘱，因为它有一定的副作用风险，而且要注意儿童和孕妇等特殊人群一般不首选口服抗生素治疗沙眼。
并发症的处理
倒睫处理： 如果沙眼导致倒睫，少量倒睫时可以用镊子拔除，较多倒睫时需要进行电解术或冷冻治疗等。电解术是通过电流破坏倒睫的毛囊，减少倒睫的再生；冷冻治疗则是利用低温使毛囊坏死，从而改善倒睫情况。角膜混浊治疗： 当沙眼引起角膜混浊时，轻度的可能会随着沙眼病情的控制逐渐改善，严重的可能需要考虑手术治疗，比如角膜移植术，但手术有一定的适应症和风险。