胎儿停止发育的原因较多，据相关统计，胚胎染色体异常是早期胎儿停止发育最常见的原因，约占50%~60%。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 卵子或精子在形成过程中染色体发生了突变，导致胚胎染色体数目或结构异常，无法正常发育，从而出现停止发育。这种情况是自然淘汰的过程，发生一次后，再次怀孕仍有一定概率出现。父母染色体异常： 若父母一方或双方存在染色体平衡易位、倒位等异常情况，也可能遗传给胎儿，影响胎儿正常发育，导致停止发育。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，怀孕后黄体分泌的孕激素不足，不能维持子宫内膜的正常蜕膜化，影响胚胎着床和发育；甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能减退还是亢进，都可能干扰胚胎的正常发育进程，研究发现甲状腺功能减退的孕妇发生胎儿停止发育的风险会升高。子宫异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，不利于胚胎着床和生长；子宫肌瘤，尤其是黏膜下肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育；宫腔粘连也会影响胚胎的着床和发育空间，增加胎儿停止发育的几率。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，体内产生的自身抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应和营养物质传递，导致胎儿停止发育。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受不足，母体免疫系统将胎儿视为“异物”进行攻击，从而引发胎儿停止发育。比如母儿血型不合，也可能导致免疫排斥反应，影响胎儿发育。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇长时间接触某些有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些物质可能通过胎盘影响胎儿，干扰胎儿的正常发育过程，增加胎儿停止发育的风险。辐射影响： 孕妇受到过量的辐射，如长时间接触X射线等，辐射会对胎儿的细胞造成损伤，影响胚胎的正常分裂和分化，导致胎儿停止发育。