胎儿停止发育的原因有多种。据相关研究，约50% - 60%的胎儿停止发育与胚胎染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，比如多一条染色体或者染色体某部分缺失等情况，都会影响胚胎的正常发育，从而导致胎儿停止发育。这种染色体异常往往是随机发生的，目前难以提前预防。父母染色体异常遗传： 如果父母一方存在染色体平衡易位等染色体结构异常，就有可能遗传给胎儿，使得胎儿染色体出现问题，进而引发胎儿停止发育。例如父亲或母亲的染色体携带异常结构，那么他们孕育的胎儿就有较大概率出现染色体异常情况。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，怀孕后黄体分泌的孕酮不足，无法维持子宫内膜的正常状态来支持胚胎发育，就容易导致胎儿停止发育。一般来说，女性黄体期不足11天就可能存在黄体功能不全的情况。另外，甲状腺功能异常也会影响胎儿发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胎儿的生长发育进程，增加胎儿停止发育的风险。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境会影响胚胎的生长；患有高血压疾病，如子痫前期，会导致胎盘血流灌注不足，影响胎儿获取营养和氧气，从而引发胎儿停止发育。还有一些感染性疾病，像孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒等，也可能导致胎儿停止发育。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 如子宫畸形，像双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。宫腔粘连也会对胎儿发育产生不利影响，宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，限制胚胎的生长。例如既往有多次宫腔操作史的女性，发生宫腔粘连的概率相对较高，进而增加胎儿停止发育的可能性。子宫肌瘤： 较大的子宫肌瘤会影响子宫的血液循环，压迫胚胎，干扰胎儿的正常发育。如果子宫肌瘤位于黏膜下，对胎儿的影响更为明显，因为它直接占据了宫腔内的空间，影响胚胎着床和发育。
免疫因素：
自身免疫性疾病： 孕妇患有系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病时，自身免疫系统会错误地攻击胚胎，导致胎儿停止发育。这类疾病会产生自身抗体，影响胎盘的免疫环境，破坏胎盘的正常功能。同种免疫异常： 孕妇和胎儿之间的免疫不适应，母体免疫系统对胎儿产生排斥反应，也可能引起胎儿停止发育。比如母体缺乏某些免疫调节因子，使得对胎儿的免疫耐受不足，从而攻击胎儿组织。