怀孕3个月肚子隐隐作痛可能由以下原因引起：
一、韧带牵扯：怀孕三个月时子宫会逐渐突出盆腔进入腹腔，子宫慢慢增大，在这个增大过程中子宫会牵拉盆腔韧带，此时就容易出现肚子隐隐作痛的感觉。
二、假性宫缩：孕妇在怀孕三个月时如果情绪比较激动、与男性发生性行为、从事过重的体力劳动或进行剧烈的体育运动，这些不良刺激可能会诱发子宫收缩，从而导致肚子隐隐作痛。在怀孕期间应避免性生活、保持饮食清淡、适量进食等，以缓解此类症状。
三、先兆流产：怀孕期间如果胚胎质量不佳、体内孕激素分泌不足等可能会引发先兆流产，腹部会有明显下坠感且伴有阴道异常出血，同时可能会伴有肚子隐隐作痛的症状。
总之，怀孕三个月肚子隐隐作痛既有可能是生理性的，也有可能是病理性的，具体原因需要通过相关检查来进行准确判断。