小儿癫痫是由多种因素引起的，其中遗传因素较为常见，约有30% - 40%的小儿癫痫与遗传基因突变有关，比如一些单基因遗传疾病就可能导致癫痫发作。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果家族中有癫痫患者，尤其是近亲中有癫痫病史，那么小儿患癫痫的风险会相对增加。研究发现，有癫痫家族史的儿童，其癫痫发病率比无家族史儿童高2 - 3倍。特定基因变异： 某些特定的基因变异会影响大脑神经元的正常功能，使得神经元容易异常放电，从而引发癫痫。例如钠离子通道基因、钾离子通道基因等发生突变时，就可能导致小儿癫痫的发生。
脑部发育异常导致
胚胎期发育问题： 在胎儿发育的胚胎期，如果受到感染、辐射、药物等不良因素影响，可能会出现脑部结构发育异常，如大脑皮质发育畸形等，这是小儿癫痫的重要诱因之一。比如母亲在孕期感染风疹病毒，就可能影响胎儿脑部发育，增加小儿患癫痫的概率。出生时脑损伤： 早产、低体重儿、难产等情况都可能造成新生儿脑部损伤，如缺氧缺血性脑损伤，这会干扰脑部神经元的正常功能，使得神经元异常放电，引发癫痫。有数据显示，出生时发生缺氧缺血性脑损伤的新生儿，癫痫发生率比正常出生新生儿高5 - 10倍。
脑部感染引发
颅内感染： 小儿患上脑炎、脑膜炎等颅内感染性疾病时，炎症会刺激大脑神经元，导致神经元异常放电，进而引发癫痫。例如化脓性脑膜炎，如果没有得到及时有效的治疗，就容易遗留癫痫后遗症。一般来说，小儿颅内感染后癫痫的发生率约为15% - 20%。病毒感染： 像单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染也可能累及脑部，引发癫痫。比如单纯疱疹病毒感染引起的脑炎，在病情恢复后，部分小儿可能会出现癫痫发作。