小儿癫痫的病因较为复杂，可能由多种因素引起。据统计，约有三分之一的小儿癫痫与遗传因素相关。
遗传因素引起
基因变异：许多小儿癫痫是由于基因发生了特定的变异导致的。比如一些单基因遗传的癫痫综合征，就是因为某个特定基因出现了异常改变，使得大脑神经元的电活动出现紊乱，从而引发癫痫发作。家族遗传史：如果家族中有癫痫病史，那么小儿患癫痫的风险会相对增高。如果家族中有直系亲属患有癫痫，下一代遗传相关癫痫的概率可能比普通人群高出一定比例。
脑部发育异常导致
胚胎期发育问题：在胎儿胚胎发育时期，如果受到某些不良因素影响，像母亲孕期感染、接触有害化学物质等，可能会导致胎儿脑部结构发育出现异常。例如脑部的神经元移行异常、脑组织畸形等，这些脑部结构的异常都可能引发小儿癫痫。出生时脑损伤：早产、难产等情况可能会造成新生儿脑部缺氧、缺血，进而引起脑部损伤，这也是导致小儿癫痫的常见原因之一。据临床统计，有相当一部分小儿癫痫患儿有出生时脑损伤的病史。
其他因素诱发
感染因素：小儿时期如果发生中枢神经系统感染，如脑炎、脑膜炎等，炎症会刺激大脑神经元，导致神经元异常放电，从而引发癫痫。例如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎等感染性疾病都可能成为小儿癫痫的诱因。代谢紊乱：当小儿出现代谢紊乱时，也可能诱发癫痫。比如低血糖、低血钙等情况。低血糖时，大脑能量供应不足，会影响神经元的正常功能，导致癫痫发作；低血钙会影响神经肌肉的兴奋性，也可能引发小儿癫痫。