头上长了扁平疣可以通过以下医疗手段和健康建议来处理：
1.医疗手段：
外用药物：涂抹维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物，可以促进扁平疣消退。
物理治疗：包括冷冻、激光、电灼等方法，通过破坏疣体来达到治疗目的。
手术治疗：对于疣体较大或药物治疗无效的患者，可以考虑手术切除。
2.健康建议：
保持良好的个人卫生习惯，勤洗手，避免搔抓疣体，以防病毒传播。
避免与他人共用毛巾、脸盆等物品，以免交叉感染。
加强锻炼，提高自身免疫力，有助于抵抗病毒感染。
注意饮食均衡，多吃蔬菜水果，避免食用辛辣刺激性食物。
及时就医，遵循医生的建议进行治疗，不要自行用药或尝试偏方。