多囊卵巢综合征的病因目前还不完全明确，可能与遗传因素和环境因素相互作用有关。有研究显示，遗传因素在多囊卵巢综合征发病中占比较大，约60% - 70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会增加。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的几率比正常人群要高很多。研究发现，该病存在一定的家族聚集性，可能是由多个基因共同作用导致的遗传易感性。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素脉冲频率异常，会导致垂体分泌的促黄体生成素（LH）水平升高，促卵泡生成素（FSH）水平相对降低，LH/FSH比值大于2 - 3。这种失衡会影响卵巢的正常排卵功能，使得卵巢不能正常排出卵子，进而出现一系列症状。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。即身体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，造成高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进一步加重多囊卵巢的病理状态，导致排卵障碍、多毛、痤疮等表现。
环境因素作用
生活方式因素： 长期的高热量饮食、缺乏运动等不良生活方式是诱发多囊卵巢综合征的重要环境因素。例如，长时间久坐、运动量过少的女性，患多囊卵巢综合征的风险会增加。而且肥胖（尤其是腹型肥胖）与多囊卵巢综合征密切相关，肥胖女性体内脂肪组织会将雄激素转化为雌激素，进一步干扰内分泌平衡。精神压力因素： 长期处于高压力状态下，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致内分泌紊乱，增加患多囊卵巢综合征的可能性。比如一些工作压力大、长期精神紧张的职场女性，患病风险相对较高。