头孢克肟胶囊和阿莫西林都是抗生素药物，都具有抗菌作用，但在药效、适用病症、副作用等方面存在区别。
一、药效
1.头孢克肟胶囊：属于第三代头孢菌素类抗生素，对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有抗菌活性，尤其对革兰氏阴性杆菌的抗菌作用更为突出。
2.阿莫西林：属于广谱青霉素类抗生素，对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有抗菌活性，但对革兰氏阳性菌的抗菌作用略逊于头孢克肟胶囊。
二、适用病症
1.头孢克肟胶囊：主要用于治疗敏感菌所致的呼吸、泌尿和胆道等部位的感染，如支气管炎、肺炎、肾盂肾炎、膀胱炎、胆囊炎、胆管炎等。
2.阿莫西林：主要用于治疗敏感菌所致的呼吸道、消化道、泌尿道等部位的感染，如中耳炎、鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎、急性支气管炎、肺炎、尿道炎、膀胱炎、急性肾盂肾炎等。
三、副作用
1.头孢克肟胶囊：常见的副作用有恶心、呕吐、腹泻、皮疹等，偶见过敏反应，如呼吸困难、过敏性休克等。
2.阿莫西林：常见的副作用有恶心、呕吐、腹泻等，偶见过敏反应，如皮疹、荨麻疹等。此外，阿莫西林还可能引起药物热、肝功能异常等副作用。
需要注意的是，头孢克肟胶囊和阿莫西林都是处方药，需要在医生的指导下使用。在使用过程中，应严格按照医嘱用药，不得随意增减剂量或停药。同时，应注意药物的过敏反应，如有过敏史应禁用。此外，这两种药物都不能与酒精同时使用，以免引起双硫仑样反应。