女性尿道肉阜的治疗方法需根据病情轻重来定。对于较小且无症状的尿道肉阜，可先观察，部分可能自行消退。而对于有症状或较大的肉阜，治疗方式主要有以下几类：
药物治疗
雌激素软膏： 对于因雌激素水平低引起的尿道肉阜，可局部使用雌激素软膏。比如0.01%雌三醇软膏，能在一定程度上改善因雌激素缺乏导致的尿道肉阜情况，但使用时要注意可能出现的阴道少量出血等反应，且需在医生指导下使用。抗生素软膏： 若尿道肉阜伴有感染，可局部涂抹抗生素软膏，如莫匹罗星软膏，能起到抗感染的作用，帮助减轻局部的炎症反应，缓解疼痛、红肿等症状。
手术治疗
激光治疗： 利用激光的热能破坏尿道肉阜组织。一般来说，激光治疗创伤相对较小，术后恢复较快。不过治疗后要注意保持局部清洁，避免感染，通常术后1 - 2周创面可逐渐愈合。电切术： 对于较大或症状明显的尿道肉阜，可采用电切术。通过电切设备将肉阜组织切除，手术过程相对直观，能较彻底地去除肉阜，但术后要注意尿道的护理，预防出血、感染等并发症，术后恢复时间大概需要1 - 2周左右。切除术： 这是较为传统的治疗方法，直接将尿道肉阜完整切除。手术需要注意切除范围要适当，避免损伤周围正常组织，术后要加强创面的护理，定期换药，防止感染，一般术后10天左右创面可基本愈合。
日常注意事项
保持外阴清洁： 每天用温水清洗外阴，保持外阴部的清洁干燥，减少细菌等病原体感染的机会，降低尿道肉阜复发或加重感染的风险。清洗时要注意由前向后清洗，避免将肛门处的细菌带到尿道周围。避免刺激： 要避免穿紧身化纤内裤，选择宽松、棉质的内裤，减少对外阴和尿道的摩擦刺激。同时，要注意避免性生活时的过度刺激，防止尿道肉阜受到损伤而加重病情。定期复查： 即使经过治疗，也需要定期到医院复查，一般建议治疗后1个月、3个月各复查一次，以便医生了解创面恢复情况以及是否有复发等情况，及时发现问题并进行处理。