吃酵素目前并没有被科学证实有特定的、普遍认可的显著好处。但从一些相关研究和观察角度来看，部分人认为可能有以下方面：
对肠道菌群可能的影响
一定调节作用： 有观点认为某些酵素中含有的成分可能对肠道菌群有一定的调节作用。不过目前并没有确切的大规模临床数据表明其能精准、有效地改变肠道菌群平衡到对健康有明显积极的程度。并非绝对优势： 正常健康的肠道菌群维持有自身的机制，单纯依靠酵素来调节肠道菌群并不具有不可替代的优势，而且也没有足够证据支持其比通过均衡饮食等方式调节更有效果。
关于消化方面的说法
声称帮助消化： 有些宣传称酵素能帮助消化。但人体自身有完善的消化酶系统来进行消化过程，目前并没有充分的科学依据证明酵素能额外显著增强消化功能。正常饮食情况下，人体的消化器官可以很好地完成食物的消化分解等工作，依赖酵素来增强消化是没有可靠科学支撑的。
对代谢的相关争议
代谢改善无可靠证据： 有说法觉得酵素能改善代谢，但目前大量的科学研究并没有证实酵素可以实实在在地促进人体新陈代谢，让身体代谢有明显且有益的改变。代谢的正常维持主要依靠合理的饮食、运动以及身体自身的生理机能，不能将希望寄托在酵素上起到关键的代谢改善作用。需要注意的是，市场上的酵素产品质量参差不齐，有些可能还存在安全隐患等问题。所以不能盲目轻信酵素有着多么神奇且被科学广泛认可的好处，保持健康还是应该通过均衡的饮食、适当的运动等科学的生活方式来维持。