怀孕50天能否进行药物流产需视具体情况而定：
一、若患者怀孕50天但孕囊不大，是可以进行药物流产的。具体过程为：患者先口服米非司酮，其能使子宫软化，接着口服米索前列醇，可促进子宫收缩，从而实现药物流产。通常患者在吃完米索前列醇后4小时内孕囊会流出体外，在此期间会有肚子疼痛现象，还可能伴有出血，这些都属正常表现，无需过度紧张。
1.米非司酮：是一种孕激素拮抗剂，能使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化。
2.米索前列醇：可引起子宫收缩，帮助孕囊排出。
二、若患者怀孕50天但孕囊体积较大，则不可使用药物流产。因为这可能导致流产不全，使孕囊无法排净，还会引起出血增多，严重时甚至导致大出血，可能需要再次清宫，会对女性生殖系统造成极大危害。此时，一般建议患者前往正规医院通过人工手术进行流产。
总之，怀孕50天是否可药物流产要根据孕囊大小来判断，合适的流产方式能减少对女性身体的不良影响。