怀孕50天能否进行药物流产需视具体情况而定，具体如下：
一、如果怀孕50天且孕囊不大，是可以进行药物流产的。首先要口服米非司酮，其能使子宫软化。接着口服米索前列醇，可促进子宫收缩，从而实现药物流产的目的。患者通常在吃完米索前列醇后的4小时内孕囊会流出体外，在此期间会出现肚子疼痛，还可能伴有出血现象，这些都属于正常表现，一般不必过度紧张。
1.米非司酮：可使子宫软化，为后续流产做准备。
2.米索前列醇：能促进子宫收缩，推动孕囊排出。
二、如果怀孕50天但孕囊体积较大，就不可以使用药物流产。因为这样可能导致流产不全，即孕囊无法完全排出，还会引起出血较多，严重时甚至会引发大出血，可能需要再次清宫，会对女性生殖系统造成极大危害。
1.流产不全：会使孕囊残留体内。
2.出血较多：可能引发更严重的后果。
3.再次清宫：会对生殖系统产生不良影响。
总之，怀孕50天是否能进行药物流产要综合判断孕囊大小等情况，选择合适的流产方式，以保障女性健康和安全。