慢性结肠炎患者吃什么药能根治并不明确，因为病情及药物反应因人而异。临床上常用药物包括柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉嗪肠溶片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等。慢性结肠炎是多种原因致结肠慢性炎症的统称，病因有细菌、真菌、病毒等感染，遗传、免疫及放疗等，发病部位主要在结肠，也可累及直肠等。
一、柳氮磺吡啶肠溶片：这是一种磺胺类抗菌药，常用于溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎等。
1.对溃疡性结肠炎有一定疗效。
2.在类风湿性关节炎治疗中也发挥作用。
二、美沙拉嗪肠溶片：主要用于溃疡性结肠炎、克罗恩病。
1.作用于炎症黏膜，能抑制引起炎症的前列腺素合成和炎症介质白三烯形成。
2.对肠壁炎症有消炎作用。
三、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊：可治疗肠道菌群失调引起的多种症状，如腹泻、便秘、肠炎、腹胀、消化不良、食欲不振等，能调节肠道菌群，辅助治疗慢性结肠炎。
1.针对肠道菌群失调导致的系列症状。
2.通过调节菌群来协助慢性结肠炎的治疗。
此外，还可能用到盐酸莫西沙星片等药物，具体用药需在医生指导下进行，不可盲目用药，以免产生不良后果。总之，慢性结肠炎患者的用药需根据具体病情和个体差异来选择，以达到较好的治疗效果。