扁平疣治疗并没有绝对最快最佳的单一方法，通常可采用药物治疗、物理治疗等。一般来说，综合治疗效果较好。
药物治疗方法
外用药物： 常用的有维A酸软膏，它可以调节表皮细胞的分化，抑制角质形成细胞的增殖，从而帮助去除扁平疣。还有咪喹莫特乳膏，它是一种免疫调节剂，能刺激机体的免疫系统来对抗病毒。内服药物： 对于病情较严重的患者，可能会使用免疫调节剂，如转移因子口服溶液等，它可以调节机体的免疫功能，帮助清除病毒。
物理治疗方式
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般治疗后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，通常1 - 2周左右能看到效果。冷冻治疗适合疣体数量较少的情况。激光治疗： 利用激光的高能量击碎疣体组织。治疗过程相对较快，术后恢复时间一般在1 - 2周，但是可能会有留下疤痕的风险，尤其是疤痕体质的人要谨慎选择。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓会导致疣体接种到周围皮肤，使疣体增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。同时，要注意休息，保证充足的睡眠，增强身体免疫力，有助于病情恢复。