肛乳头肥大通常是由于长期的炎症刺激引起的。比如肛管炎、肛窦炎等慢性炎症，会反复刺激肛乳头，导致其纤维组织增生，进而形成肥大。据临床观察，约有60%以上的肛乳头肥大患者都有肛肠慢性炎症病史。
炎症刺激相关因素
肛窦炎引发： 肛窦靠近肛乳头，当肛窦发生炎症时，炎症容易蔓延至肛乳头。例如，长期腹泻或者不注意肛门局部卫生，容易导致肛窦内细菌滋生，引发肛窦炎，进而刺激肛乳头增生肥大。一般来说，持续的肛窦炎如果不及时治疗，3 - 6个月左右就可能出现肛乳头肥大的情况。肛管炎影响： 肛管部位的炎症也会波及肛乳头。肛管受到刺激，如受到粪便的反复摩擦等，会产生炎症反应，这种炎症会传导至肛乳头，促使肛乳头组织异常增生，形成肥大。
其他可能因素
排便习惯不良： 长期便秘的人，排便时需要用力努挣，这会对肛乳头产生较大的压力和摩擦。据统计，便秘患者中肛乳头肥大的发生率比正常人群高出约40%。因为干结的粪便在排出过程中，反复刺激肛乳头，时间一长就容易引发肛乳头肥大。直肠炎牵连： 直肠发生炎症时，炎症可能会向上蔓延影响到肛乳头。直肠炎的病因有很多，像感染性直肠炎，病原体感染直肠后，炎症扩散，就可能累及肛乳头，导致肛乳头出现肥大的病理改变。
先天发育因素
胚胎时期异常： 在胚胎发育过程中，如果肛乳头组织发育出现异常，也可能导致肛乳头肥大。虽然这种情况相对较少见，但确实存在。胚胎发育到一定阶段时，肛乳头的组织分化出现偏差，使得肛乳头结构异常增生，从而形成肥大的肛乳头。不过，这种由先天发育异常引起的肛乳头肥大在临床上占比不足10%。