肛乳头肥大通常是由于肛管处的慢性炎症刺激引起的，比如长期的便秘、腹泻等，炎症反复刺激肛乳头，导致其纤维结缔组织增生肥大。一般来说，这种情况多发生在有肛肠疾病史或者排便习惯不佳的人群中。
炎症刺激相关因素
长期便秘： 当发生便秘时，干结的大便会反复摩擦肛乳头，持续的机械性刺激加上粪便中的细菌等引发炎症，长期如此就容易促使肛乳头肥大。比如，长期便秘的人每周排便次数可能少于3次，粪便干结难以排出，对肛乳头的刺激频繁。慢性腹泻： 肠道炎症等原因导致的慢性腹泻，会使肠道分泌物增多，这些分泌物不断刺激肛乳头，也会诱发肛乳头的炎症反应，进而出现肥大。例如，患有溃疡性结肠炎的患者，肠道长期处于炎症状态，就可能伴随肛乳头肥大。
肛管其他病变影响
肛窦炎： 肛窦炎是肛乳头肥大常见的关联疾病。肛窦位置特殊，容易积存粪便和细菌，引发感染形成肛窦炎。炎症会蔓延到肛乳头，导致肛乳头发生炎性增生，逐渐肥大。一般肛窦炎发作时，患者会感觉肛门内有坠胀感，偶尔还会有刺痛。痔疮： 痔疮患者由于肛管周围血管丛曲张等病变，局部环境改变，容易引发肛乳头的炎症反应。比如内痔患者，痔核脱出后可能会刺激肛乳头，导致其肥大。
解剖结构因素
肛乳头自身特点： 肛乳头是肛管齿线部的三角形乳头状隆起，其本身就容易受到外界因素的影响。如果肛管局部的微环境出现变化，比如酸碱度改变、细菌群落失衡等，就容易使肛乳头发生增生肥大。而且，年轻人相对老年人来说，肛乳头的再生能力可能更强，在同样的刺激下更易出现肥大情况，但这也不是绝对的，不同个体差异较大。