滴虫性龟头炎主要通过药物治疗，通常使用硝基咪唑类药物效果较好。一般确诊后，医生会开具相应药物进行治疗。
药物治疗选择
甲硝唑： 是治疗滴虫性龟头炎的常用药物，它能抑制滴虫的氧化还原反应，使原虫氮链断裂，从而发挥杀灭滴虫的作用。可以口服甲硝唑片，也有甲硝唑凝胶等外用制剂。替硝唑： 也属于硝基咪唑类药物，对滴虫同样有较好的抑制和杀灭效果，其作用机制与甲硝唑类似，可口服或外用。
日常护理要点
保持局部清洁： 每天用清水清洗龟头部位，保持局部的清洁卫生，防止滴虫滋生。清洗时要注意轻柔，避免损伤龟头皮肤。避免性生活： 在治疗期间应避免性生活，因为滴虫性龟头炎具有传染性，性生活可能会将滴虫传染给性伴侣，同时也可能导致自身病情加重或反复。一般建议在症状完全消失且经复查滴虫阴性后再恢复性生活。
性伴侣的处理
性伴侣同时治疗： 如果患者患有滴虫性龟头炎，其性伴侣也需要同时接受检查和治疗。因为滴虫可以在性伴侣之间相互传播，即使性伴侣没有明显症状，也可能携带滴虫，所以双方都需要进行相关检查，若确诊感染滴虫，应同时用药治疗，以避免交叉感染，影响治疗效果。注意观察性伴侣症状： 性伴侣在治疗期间要注意观察自身是否出现泌尿生殖系统的不适症状，如尿道瘙痒、分泌物增多等，如果出现相关症状应及时就医检查。
治疗后的复查
定期复查： 在完成治疗后，需要按照医生的要求定期进行复查。一般在治疗结束后1 - 2周左右复查阴道分泌物或尿道分泌物等，通过显微镜检查是否还有滴虫存在。如果复查结果为阴性，才能认为基本治愈；如果复查仍发现滴虫，则需要考虑调整治疗方案，重新进行规范治疗。