宝宝三个月吃奶总是挣扎哭闹可能存在生理原因和疾病因素。在治疗时需根据具体病因采取对症方法。
生理原因：
一、家长喂奶姿势不当，导致宝宝不能很好地衔接乳头或奶嘴。比如宝宝头部没有放到大人肘窝处，前臂没有支撑宝宝躯干和颈部，宝宝脸面没有朝向乳房位置等，使得宝宝吃不上奶而挣扎哭闹。通常应将宝宝头部放于大人肘窝，前臂支撑其躯干和颈部，让宝宝脸面朝乳房，将乳头送入宝宝口中并完全含住乳晕，这是较常用的哺乳姿势。
二、家长选择的奶嘴不合适，或宝宝难以含住全部乳头等情况。如果是乳头太大宝宝含不住，可以考虑将母乳吸出瓶喂，或使用母乳喂养辅助装置帮助宝宝吸吮。
疾病因素：
1.宝宝可能患牛奶蛋白过敏，吃了含有牛奶蛋白的奶粉后肚子不舒服，可能只是单纯表现为吃奶时挣扎哭闹，而无典型的皮疹、腹泻等过敏表现，此时就需要避免让宝宝再吃过敏食物。
2.宝宝患某些感染性疾病如呼吸道感染，可能因咽部不适在吃奶时挣扎哭闹，同时伴有呼吸短促、发热等情况。这种情况下要随时观察宝宝体温，注意降温，若体温超过38.5度可在医生指导下口服儿童退热药如布洛芬等，若体温不到38.5度，可采用温水擦浴、贴退热贴等物理方法退热。
总之，当宝宝吃奶时出现挣扎哭闹情况，需及时查明原因并对症治疗。