三个月婴儿吃奶哭闹可能与以下因素有关：一是环境不舒适；二是缺钙；三是积食。
一、环境不舒适。若三个月婴儿的居住环境温度过高或者过于潮湿，其在吃奶时就很可能会哭闹。对此，应保持室内适宜的温湿度，同时要尽量减少噪声，如此才能让婴儿安静地吃奶。
二、缺钙。三个月婴儿的身体生长发育通常比较迅速，可能会出现缺钙的情况。这时婴儿吃奶时会有哭闹表现，还可能伴有出汗、烦躁以及夜间睡眠不佳等其他异常症状。故而要注意积极为其补充钙质。
三、积食。当三个月婴儿出现积食时，往往会有腹胀、腹痛等不适症状，这也会导致其在吃奶时哭闹。可以遵医嘱给婴儿服用乳酸酪酸活菌散等益生菌制剂来调节肠道功能，待积食情况得到改善后，婴儿哭闹的情况才会好转。
总之，三个月的婴儿在吃奶时哭闹，必须要及时明确具体原因。要是婴儿持续哭闹，最好尽快就医检查。