肛门瘙痒的原因有多种，其中常见的是局部皮肤因素，比如约60%的肛门瘙痒是由肛周皮肤病变引起，像肛周湿疹，这是一种过敏性炎症性皮肤病，会导致肛周皮肤出现红斑、丘疹、水疱等，进而引发瘙痒；还有肛周皮炎，多因局部长期受粪便、分泌物刺激等导致皮肤炎症，引起瘙痒。
肠道寄生虫感染因素
肠道线虫感染： 比如蛲虫感染较为常见，尤其在儿童群体中易发生。蛲虫常在夜间爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤，从而引起剧烈瘙痒，尤其以夜间睡眠时明显。绦虫感染： 绦虫寄生在肠道内，也可能通过一些途径影响肛周，导致肛门瘙痒，但相对蛲虫感染来说发生率稍低。
肛周疾病因素
痔疮： 当痔疮发作时，尤其是内痔脱出或外痔肿胀，会导致肛门周围分泌物增多，这些分泌物刺激肛周皮肤，就容易引起瘙痒。约有40%的痔疮患者会伴有不同程度的肛门瘙痒症状。肛瘘： 肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，由于瘘管内分泌物不断流出，刺激肛周皮肤，长期可引发瘙痒，且分泌物刺激还可能导致肛周皮肤湿疹样改变。
全身性疾病因素
糖尿病： 糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量升高，会刺激肛周皮肤，容易引发瘙痒。据统计，约有10% - 15%的糖尿病患者会出现肛门瘙痒的症状。肝胆疾病： 像肝胆管梗阻等肝胆疾病，会导致胆汁淤积，血液中胆盐含量升高，沉积在肛周皮肤时可引起瘙痒。此外，甲状腺功能亢进等内分泌疾病也可能通过影响机体代谢等因素，导致肛门瘙痒的发生。