新生儿拉肚子的原因较多，其中常见的是消化系统发育不完善，约有40%的新生儿因胃肠功能尚未成熟，易出现拉肚子情况。
喂养不当导致
喂养方式： 如果是母乳喂养的新生儿，妈妈饮食不注意，吃了过多辛辣、油腻的食物，就可能通过乳汁影响新生儿，导致拉肚子。比如妈妈吃了大量辣椒，新生儿可能1 - 2天内就出现拉肚子现象。如果是配方奶喂养，奶粉冲泡不合适也会引发拉肚子，像奶粉浓度过高或过低，都可能让新生儿肠道不适应。过度喂养： 新生儿肠胃容量小，过度喂养会加重肠胃负担，引起拉肚子。比如本来一次能吃30 - 50毫升奶，却喂了80毫升，就容易出现消化不良性拉肚子。
感染因素引起
病毒感染： 轮状病毒是常见的引起新生儿拉肚子的病毒之一。新生儿感染轮状病毒后，一般1 - 3天内会出现拉肚子，大便多为水样或蛋花汤样，每天次数较多，可能达十几次。细菌感染： 如大肠杆菌感染也会导致新生儿拉肚子。新生儿接触了被大肠杆菌污染的物品后感染，会出现拉肚子，大便可能伴有黏液、脓血等。
腹部受凉所致
新生儿腹部保暖不当，受到寒冷刺激，肠道蠕动加快，就会拉肚子。比如晚上睡觉没盖好肚子，尤其是小肚子暴露在外，几个小时后可能就会出现拉肚子情况，大便性状可能较稀。
过敏因素引发
牛奶蛋白过敏： 部分新生儿对牛奶蛋白过敏，吃了含牛奶蛋白的奶粉后会出现拉肚子。一般在食用奶粉后数小时至数天内发病，除了拉肚子，可能还伴有皮疹等表现。母乳过敏： 妈妈吃了某些易过敏食物，通过母乳传递给新生儿，也可能引起新生儿拉肚子。比如妈妈吃了海鲜，新生儿可能就会出现拉肚子症状。