一般来说，对于HPV51阳性并没有所谓的最佳药物。HPV51阳性的患者使用生物蛋白抑菌凝胶、鬼臼毒素软膏、重组人干扰素α2b凝胶等药物相对较好。
一、生物蛋白抑菌凝胶：HPV是人乳头瘤病毒，有高危型和低危型之分，而HPV51属于高危型HPV。HPV51阳性意味着感染了HPV51。患者在医生指导下使用生物蛋白抑菌凝胶，这是一种可用于阻断生殖器HPV感染的妇科药物，能够阻断生殖器HPV感染，进而缓解相关不适症状。
二、鬼臼毒素软膏：鬼臼毒素软膏主要用于治疗男女外生殖器及肛门周围部位的尖锐湿疣。感染HPV51后有可能引发尖锐湿疣，所以患者可在医生指导下使用该药物。
三、重组人干扰素α2b凝胶：这是一种抗病毒药物，可用于治疗宫颈糜烂、尖锐湿疣、带状疱疹、口唇疱疹、生殖器疱疹等疾病，能够起到预防HPV51感染生殖器的作用，故而患者可在医生指导下使用。
此外，患者还可遵医嘱使用保妇康栓、阿昔洛韦片等药物进行治疗。
总之，HPV51阳性患者可在医生指导下选择合适的药物进行治疗，同时要注意遵医嘱用药，并关注治疗效果和可能出现的不良反应。