尿结晶严重可能会引发多种不良后果。一般来说，尿结晶严重时，首先可能影响泌尿系统的正常功能。当尿结晶持续增多，有可能形成尿路结石。据统计，约90%的尿路结石与尿结晶有关。
对泌尿系统的影响
引发尿路梗阻： 尿结晶不断堆积，可能会在尿路中形成堵塞，影响尿液的正常排出。比如在输尿管部位，如果有大量结晶堆积，就会阻碍尿液从肾脏流向膀胱，导致肾积水等情况。长期的尿路梗阻还可能损害肾脏的结构和功能，使肾脏的过滤等功能受到影响。刺激尿路黏膜： 结晶会对尿路黏膜产生刺激，引起尿频、尿急、尿痛等症状。患者会频繁地有排尿的感觉，而且排尿时会有灼热、疼痛的不适，严重影响生活质量。长期的刺激还可能导致尿路黏膜的损伤，增加感染的风险。
增加泌尿系统感染风险
尿结晶严重时，尿液的环境发生改变，有利于细菌的滋生。细菌容易在有结晶的尿路部位繁殖，从而引发泌尿系统感染。一旦发生感染，可能会出现发热、腰痛等症状，严重的感染还可能扩散到肾脏，引起肾盂肾炎等更严重的疾病。而且感染和结晶相互影响，形成恶性循环，加重病情。
影响肾脏功能
长期的尿结晶问题如果没有得到有效控制，会逐步损害肾脏功能。肾脏是过滤血液、生成尿液的重要器官，当肾脏因为结晶等问题受到损伤，其过滤功能下降，体内的代谢废物不能正常排出，会在体内堆积，进而影响全身的健康，出现恶心、呕吐、水肿等一系列症状，严重时可能发展为肾功能衰竭，需要进行透析等替代治疗，给患者带来极大的痛苦和经济负担。