尿结晶严重可能会引发多种严重后果。比如，当尿结晶持续增多，很可能会形成尿路结石。有研究表明，约80%的尿路结石是以尿结晶为核心逐渐形成的。
引发尿路梗阻
肾小管堵塞： 尿结晶如果在肾小管内堆积，会堵塞肾小管，影响尿液的正常排出。长期如此，可能会导致肾小管扩张，进而影响肾脏的正常功能。输尿管堵塞： 当尿结晶形成的小结石排入输尿管时，可能会造成输尿管堵塞。一旦输尿管被堵塞，尿液无法顺利通过，会引起肾盂积水，长时间的肾盂积水会压迫肾实质，导致肾功能减退。
损伤泌尿系统黏膜
尿道黏膜损伤： 严重的尿结晶可能会刺激尿道黏膜，造成尿道黏膜的损伤。患者会出现尿道疼痛、血尿等症状，而且容易引发尿道感染，因为受损的黏膜为细菌的滋生提供了便利条件。膀胱黏膜损伤： 尿结晶在膀胱内积聚，会反复摩擦膀胱黏膜，导致膀胱黏膜充血、水肿，甚至出现溃疡。患者会有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，长期的膀胱黏膜损伤还可能增加膀胱癌的发病风险。
影响肾脏功能
肾小球滤过功能下降： 尿结晶相关的尿路问题如果长期得不到解决，会影响肾脏的血液循环，进而影响肾小球的滤过功能。肾小球滤过功能下降会导致体内代谢废物不能及时排出体外，如尿素、肌酐等在体内堆积，引起氮质血症等一系列问题。肾小管重吸收功能障碍： 由于尿结晶造成的肾小管堵塞等情况，会干扰肾小管的正常重吸收功能。肾小管重吸收功能出现障碍，会导致一些有用的物质如葡萄糖、氨基酸等不能被正常重吸收，从而出现相应的临床症状，同时也会进一步加重肾脏的损伤。