小脑萎缩目前尚无特效药物能完全根治，但可以通过一些药物来缓解症状，延缓病情进展。例如丁苯酞软胶囊，可能对改善脑部血液循环有一定帮助，但具体效果因个体差异而异。
药物治疗的主要方向
营养神经类药物
甲钴胺： 属于B族维生素类药物，能参与神经系统内核酸、蛋白质、脂质的代谢，促进受损神经组织的修复。一般没有明显的年龄绝对禁忌，但过敏者禁用。维生素B12： 也是参与神经代谢的重要物质，可维持神经髓鞘的合成代谢。缺乏维生素B12时可能影响神经系统功能，正常人群一般通过饮食可获取足够量，但对于吸收障碍等特殊情况的患者可能需要补充，孕妇在医生评估后可适当补充。
改善脑循环类药物
尼莫地平： 能选择性地作用于脑血管平滑肌，扩张脑血管，增加脑血流量。老年人使用时需注意监测血压，低血压患者慎用。长春西汀： 可改善脑血流量，增加脑耗氧量。有颅内出血后尚未完全止血的患者禁用，严重缺血性心脏病患者慎用。
针对伴随症状的药物
若伴有认知障碍
多奈哌齐： 可以抑制乙酰胆碱酯酶的活性，增加脑内乙酰胆碱的含量，对轻、中度阿尔茨海默病引起的认知障碍有一定改善作用。但严重肝病患者慎用，孕妇不推荐使用。石杉碱甲： 是一种胆碱酯酶抑制剂，对胆碱酯酶有选择性抑制作用，能改善记忆障碍。癫痫、肾功能不全、机械性肠梗阻及心绞痛患者禁用。
若伴有精神症状
奥氮平： 可用于控制小脑萎缩患者可能出现的精神症状，如幻觉、妄想等。但可能会引起体重增加、嗜睡等不良反应，孕妇、哺乳期女性及有窄角型青光眼病史者禁用。氟哌啶醇： 也可用于控制精神症状，但易引起锥体外系反应，儿童使用需谨慎，老年人对其敏感性增高，应慎用。