肛周脓肿的治疗主要包括药物治疗和手术治疗等方式。一般来说，肛周脓肿一旦确诊，通常需要手术干预来根治，单纯药物治疗往往只能暂时缓解症状。
药物治疗方面
抗生素应用： 可选用青霉素类、头孢菌素类等抗生素，如头孢拉定等，能起到抗感染的作用，不过主要是辅助手术治疗，帮助控制炎症，但不能单纯依靠药物治愈肛周脓肿。一般用于手术前后预防或控制感染。止痛药物： 当肛周脓肿引起疼痛时，可使用布洛芬等非甾体抗炎药来缓解疼痛，但这只是对症处理，不能从根本上解决肛周脓肿问题。
手术治疗方式
切开引流术： 这是治疗肛周脓肿最常用的手术方法。医生会在脓肿波动最明显的部位进行切开，排出脓液。通常在局部麻醉下就可进行，术后需要定期换药，一般需要1 - 2周左右伤口逐渐愈合，但这种方法可能会形成肛瘘，约有1/3的患者在切开引流后会发展为肛瘘。一次性根治术： 对于部分低位单纯性肛周脓肿，可以采用一次性根治术。这种手术是在找到内口的情况下，直接将脓肿及内口一并处理，避免了后期形成肛瘘的可能。但该手术对医生的技术要求较高，需要准确找到内口。
术后护理要点
伤口换药： 术后要按时进行伤口换药，一般每天或隔天换药一次，目的是清除伤口内的分泌物，保持引流通畅，促进伤口愈合。换药时要注意严格无菌操作，防止感染加重。饮食注意： 术后患者要注意饮食，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免大便干结刺激伤口。同时要避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免影响伤口恢复。