圆锥角膜的发病原因目前尚未完全明确，但有一些相关因素。一般认为，遗传因素可能是重要诱因之一，据研究显示，约50%的圆锥角膜患者有家族遗传倾向，存在特定的基因异常可能增加发病风险。
遗传因素相关
基因层面影响： 一些研究发现，圆锥角膜与特定染色体上的基因变异有关，比如某些胶原基因的突变可能影响角膜胶原纤维的结构和功能，导致角膜逐渐变薄并向前突出形成圆锥形状。家族聚集现象： 如果家族中有亲属患有圆锥角膜，那么其他家庭成员患圆锥角膜的概率会比普通人群明显增高，不过具体的遗传模式较为复杂，可能涉及常染色体显性遗传、隐性遗传等多种方式。
眼部发育因素
角膜发育异常： 在胚胎发育时期，如果角膜的基质层发育出现异常，比如胶原纤维排列紊乱等情况，就可能为圆锥角膜的发生埋下隐患。青春期身体变化影响： 青春期是身体快速发育的阶段，此时眼轴等也可能发生变化，对于本身角膜基质层有潜在发育问题的人来说，更容易促使圆锥角膜的形成，有数据表明，圆锥角膜多在青春期前后发病。
环境及其他因素
长期揉眼等不良习惯： 长期频繁揉眼可能会对角膜造成机械性的损伤，尤其是对于那些角膜基质层相对薄弱的人，这种外力刺激可能加速角膜变薄和圆锥角膜的发展。过敏因素： 有研究发现，过敏性结膜炎患者如果长期反复发作，可能会在一定程度上影响角膜的状态，增加圆锥角膜的发病几率，因为炎症等因素可能会影响角膜的代谢和结构。